Conservation des ressources génétiques des animaux de ferme. Pourquoi et comment?

Les caractéristiques phénotypiques (apparence) sont souvent utilisées pour classifier les animaux en espèces, et il existe une grande diversité entre les espèces. Il peut toutefois y avoir une variation génétique limitée à l’intérieur de chaque espèce.
La domestication des animaux a mené au développement de races spécifiques, ce processus augmentant la variation à l’intérieur des espèces.

Les animaux sont gardés dans des environnements variant de tempérés à tropicaux, ce qui résulte en une sélection pour différentes caractéristiques dans différents endroits.
Nous avons sélectionné des animaux pour des utilisations spécifiques, par exemple les bovins comme animaux de trait, pour la viande et le lait; la volaille pour les œufs et la viande; les moutons pour la viande, la laine et le lait.
Les animaux sont souvent gardés dans de grands groupes, ce qui mène à une sélection indirecte pour la résistance à la maladie et pour l’adaptabilité dans le groupe.

À mesure que l’agriculture est passée de petits systèmes de production à de grands systèmes commerciaux, la diversité génétique des animaux de ferme a diminué. Les objectifs de sélection et les environnements de production sont maintenant très similaires dans l’ensemble des pays développés. Nous sommes très efficaces pour changer la diversité génétique des populations.

Les technologies modernes de reproduction telles que la récolte et la congélation de semence et d’embryons permettent à des animaux sélectionnés d’engendrer une grande progéniture.
Le transport moderne permet une distribution rapide et efficace du matériel génétique.
L’industrialisation et l’économie mondiale font du niveau de production le critère de sélection.
Les programmes d’élevage sont de plus en plus effectués par des entreprises nationales et multinationales.

Hanoverhill Starbuck a été un taureau laitier populaire de 1986 à 1995. Il était hébergé au Centre d’insémination artificielle du Québec mais il a plus de 200 000 filles dans le monde entier. Il a jusqu'à maintenant 209 fils et 406 petits-fils avec une évaluation génétique officielle. Même si Starbuck est mort en 1998, son clone Starbuck II est né en 2000.
Trois compagnies d’élevage de volaille fournissent des animaux d’élevage aux fermes du monde entier et les mêmes souches sont utilisées à la fois en Europe et en Asie. Un nombre similaire de compagnies fournissent les volatiles utilisés pour la production commerciale d’œufs.

Le résultat? L’industrie animale moderne n’utilise maintenant que quelques races dans toutes les espèces. Parmi les nombreuses races déjà utilisées dans les fermes, plusieurs ont vu leur nombre diminuer de façon importante et d’autres ont complètement disparu.

95 % de nos animaux laitiers sont des Holstein.
La volaille d’élevage provient de souches hybrides – les volatiles de ferme des années 50 sont maintenant considérés comme des oiseaux « de fantaisie ».
Notre porc est produit presque exclusivement à partir de croisements entre trois races.

Si nous avons ce qu’il y a de meilleur, pourquoi nous préoccupons-nous de la préservation de la diversité génétique ?

Nous devons conserver les gènes et les combinaisons de gènes potentiellement utiles
Le « meilleur » est défini comme la production industrielle d’une petite quantité de produits dans un monde développé. Nous commençons à peine à comprendre la complexité des gènes et leur interaction en vue de la production du phénotype. Nous risquons de perdre des gènes de valeur.

Prendre avantage de la vigueur hybride
La vigueur hybride est l’augmentation supérieure à la moyenne de la souche parentale obtenue par le croisement de races génétiquement différentes. Les croisements sont pratiqués à grande échelle dans la production porcine, ovine et bovine. Si on ne conserve que quelques races, l’occasion de développer des bons croisements est perdue.

Dépasser les plateaux de sélection
Un plateau de sélection survient lorsque la variation génétique est perdue, aucun changement n’est dorénavant possible parce que les animaux sont génétiquement pareils. Si la variation génétique existe dans d’autres races, des croisements peuvent être effectués pour dépasser ces plateaux.

les changements climatiques
la propagation des maladies, particulièrement dans les monocultures
le changement de disponibilité des aliments
les changements sociaux, soit le bien-être des animaux et la durabilité de l’environnement
les erreurs de sélection : un taureau très utilisé peut propager une maladie génétique dans une population avant que le problème soit identifié.

Pour des raisons culturelles
Notre histoire est étroitement liée aux pratiques agricoles et à l’utilisation de races particulières. La vache Canadienne et la poule Chantecler sont associées à la culture canadienne-française. Le poney terre-neuvien développé pour répondre à des conditions environnementales difficiles est maintenant reconnu comme une race du patrimoine par Terre-Neuve et le Labrador. Le cheval de race Canadienne a récemment été reconnu par le Parlement comme le cheval national du Canada. Des races de volailles telles que la Plymouth Rock rayée et les races de chevaux lourds tels que Percheron et Clydesdale étaient souvent présentes à la ferme. Ces races sont maintenant utilisées dans les parcs « d’histoire vivante » ou dans des « musées nature », et sont importantes en matière de formation et de tourisme.

Pour la recherche
Des lignées de contrôle (non sélectionnées) sont utilisées pour mesurer le progrès génétique dans la sélection. L’identification de gènes spécifiques, qui réglementent des caractères tels que la qualité du produit et la santé, est facilitée par la comparaison entre des groupes très différents. L’évaluation économique de programmes d’élevage inclut maintenant des aspects sociologiques tels que l’importance du développement rural durable. La recherche sur le rôle des races mineures dans un tel système de production est nécessaire.

Garder la variation génétique comme une combinaison de gènes, sous une forme qui est facilement récupérable

Les animaux vivants peuvent être appropriés dans certaines situations. La cryopréservation de semence, d’ovules ou d’embryons est possible dans de nombreuses races et les nouvelles technologies de culture de tissus sont prometteuses.

Garder des gènes spécifiques
À mesure que des séquences de gènes reliés à des caractères spécifiques seront identifiées et définies, nous serons capables de sauver ces portions d’ADN dignes d’intérêt.

Inventaire
La définition d’une race en voie de disparition dépend de facteurs tels que le nombre de mâles et de femelles d’élevage, la population totale, la quantité de sous-populations et les tendances dans la taille de la population. Il est donc important de surveiller sur une base régulière les effectifs et le changement dans les effectifs.

Évaluation
Les animaux doivent être caractérisés pour le phénotype et le génotype, par l’utilisation de nouvelles technologies appropriées. Des approches de cartographie génétique telles que le testage pour les polymorphismes de nucléotide simple (PNS) aident à retracer les ancêtres et à déterminer la distance génétique d’un groupe par rapport à un autre. L’évaluation de la performance phénotypique doit être standardisée et transposée dans l’environnement où le matériel génétique pourrait être utilisé.

Choix
Le choix des races pour la conservation doit inclure les raisons culturelles, la valeur potentielle et la menace d’extinction. Des nouvelles techniques mathématiques et des théories économiques aident à évaluer le risque de perte et les avantages potentiels.

La sauvegarde des races pures préserve les caractéristiques de cette race et fait que l’animal est facilement identifiable. Les croisements entre plusieurs races pour produire des composites ont l’avantage de sauvegarder le matériel génétique tout en réduisant les frais d’entretien. Le génotype total de chaque race est toutefois perdu.

Les populations peuvent être sauvegardées en tant qu’animaux vivants. Cette approche est coûteuse et, à moins que la race soit utilisée pour la production, elle a peu de chances de réussite. Le développement d’une approche de marketing sélectif faisant ressortir les caractères d’une race en particulier est susceptible de porter fruit. Le fait d’établir un lien entre le maintien de la race et le tourisme et la formation (visites de ferme) peut être utile.

Cryopréservation : La semence, les ovules et préférablement les embryons peuvent être congelés. Cette technique est efficace pour les bovins mais est malheureusement difficile pour d’autres espèces. Pour ces espèces où la cryopréservation est effectuée de façon routinière, il est nécessaire d’avoir un centre national de contrôle et de maintien des ressources génétiques congelées.

Prélèvement d’ADN : Il existe un potentiel d’utilisation de l’ADN et du clonage pour redévelopper les races, mais la technologie est encore nouvelle et les coûts sont élevés. Que les animaux soient gardés vivants ou en tant que matériel congelé, il est nécessaire d’avoir plus d’un emplacement pour entreposer ces réserves. Les désastres naturels, les accidents et les changements de ressources financières peuvent résulter en une perte instantanée de matériel génétique.

Industrie animale commerciale
L’industrie commerciale doit faire ressortir les caractères de valeur économique, maintenant et dans un proche avenir. Les éleveurs industriels gardent du matériel génétique pour répondre à ce besoin. L’augmentation de la mondialisation et l’intégration verticale des compagnies représentent un risque pour ces réserves génétiques, au Canada et dans le monde entier.

Éleveurs
Les éleveurs privés gardent des animaux de races mineures, comme passe-temps ou comme faisant partie de l’entreprise agricole. Il se peut que l’importance soit accordée au phénotype et que des petites populations mènent à une diversité génétique réduite. Le matériel génétique risque d’être perdu si la situation d’un éleveur change.

Groupes de conservation
La Fondation canadienne des ressources génétiques des animaux de ferme travaille de concert avec le gouvernement, les universités et les centres de recherche, les organismes de sauvegarde des races et les éleveurs privés, dans le but d’obtenir du financement et de fournir des ressources et de l’information sur la conservation des ressources génétiques animales. Parmi les membres, on retrouve des agriculteurs, des scientifiques, des associations de race et des organismes de produits.

Rare Breeds Canada est un organisme qui regroupe des éleveurs et d’autres personnes intéressées à la conservation des races mineures. L’information sur les méthodes de gestion, les races en danger et l’échange de matériel génétique est facilement accessible grâce à des rencontres, un bulletin d’information et un site web. Le groupe travaille en collaboration avec d’autres groupes nationaux tels que le American Livestock Breeds Conservancy. Rare Breeds International est l’organisme-cadre qui chapeaute ces groupes dans le monde entier.

Gouvernement
Les gouvernements fédéral et provinciaux fournissent actuellement du financement limité. Les stations fédérales de recherche agricole et certaines universités ont déjà gardé des animaux de races de bétail mais ces réserves sont maintenant minimales. Les gouvernements provinciaux fournissent parfois de l’aide par l’entremise de musées et de parcs agricoles. Au milieu des années 90, Agriculture et Agroalimentaire Canada a fourni des ressources visant à développer un inventaire de ressources génétiques animales et à établir des priorités en matière de conservation. Les races indigènes sont reconnues comme une ressource génétique par la Convention des Nations Unies sur la biodiversité (1992) dont le Canada est un signataire.

International
L’Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO) joue un rôle majeur dans l’aide aux pays individuels par le biais de programmes de conservation et offre un forum de consultation et de planification internationales. Leurs publications et leur site web fournissent de l’information sur les méthodes et les ressources. Différents pays dans le monde sont à développer des rapports sur le statut actuel de leurs ressources génétiques qui seront intégrés dans un rapport mondial en 2006. Le rapport préliminaire du Canada a été soumis au gouvernement fédéral en septembre 2002.

Les États-Unis ont mis sur pied un programme de matériel génétique animal national. Parmi les activités, on retrouve un système central d’entreposage pour le matériel génétique et une banque de données pour retracer les ressources.

Des événements tels que le Congrès mondial sur la génétique appliquée à la production d’animaux d’élevage fournissent un forum aux scientifiques intéressés par la diversité génétique. Lorsque possible, des ressources financières sont mises à la disposition de scientifiques dans les pays en voie de développement pour leur permettre d’y assister.